SNP identification and validation in two invasive species: zebra mussel (Dreissena polymorpha) and Asian clam (Corbicula fluminea)

Abstract

The development of affordable massive parallel sequencing (MPS) has reduced both time and costs of SNP identification for use in conservation and population genetic studies. After MPS, a second validation is usually required. High resolution melting analysis (HRMA) is a fast and simple method for mutation scanning, and thus a suitable validation protocol, particularly in non–model species. We present a set of nine novel polymorphic SNPs identified by MPS and validated with HRMA in two invasive species (the zebra mussel Dreissena polymorpha and the Asian clam Corbicula fluminea). These SNPs can be used in genetic studies to accurately assess and understand past and future invasion events

Identificación y validación de PNU en dos especies invasoras: el mejillón cebra (Dreissena polymorpha) y la almeja asiática (Corbicula fluminea). El desarrollo de las plataformas asequibles de secuenciación masiva en paralelo (SMP) ha reducido el coste y el tiempo en la identificación de marcadores de polimorfismos de nucleótido único (PNU) para su uso en estudios de genética de poblaciones y de conservación. Tras la SMP, suele ser necesaria una segunda validación. El análisis de las curvas de fusión a alta resolución (HRMA en su sigla en inglés) es un método rápido y sencillo para escanear mutaciones y, por tanto, es un protocolo adecuado de validación de dichos marcadores, especialmente en especies no modelo. En este trabajo se presenta un juego de nueve marcadores polimórficos de PNU nuevos identificados mediante SMP y validados con el HRMA en dos especies invasoras (el mejillón cebra Dreissena polymorpha y la almeja asiática Corbicula fluminea), que pueden utilizarse en estudios de genética de poblaciones para evaluar y entender correctamente los episodios de invasión pasados y los que podrían ocurrir en el futuro