Functional genomics of the periderm: the biosynthetic gene FHT, the transcriptional regulator StRiK and the transcriptome deciphering

Abstract

We have developed new molecular tools to characterize the FHT and StRIK genes in the tuber periderm. Regarding FHT gene, our results demonstrated that is induced very specifically in suberizing tissues what makes FHT a good marker of the suberization process. Regarding StRIK gene, it has been shown to be a good candidate for the periderm regulation since its silencing causes changes in genes expression related to the transposition of DNA, RNA processing and stress. Finally, by RNA-seq we have identified a wide range of new candidate genes for the formation of the cork oak periderm. Among these genes several are related to the formation of the cell wall, cell primary metabolism and suberin accumulation. Other relevant genes are those involved in the regulation of meristem such as auxin transporters and the ethylene metabolism and signaling. The expression patterns of some genes have been studied during the cork growing season.

Hem desenvolupat noves eines moleculars per a la caracterització dels gens FHT i StRIK en el peridermis del tubercle. Els nostres resultats mostren que FHT s’indueix de forma molt específica en teixits suberificats el que el fa un bon marcador del procés de suberificació. En relació al gen StRIK, hem vist que es un bon candidat a la regulació de la peridermis ja que el seu silenciament provoca canvis d’expressió en gens relacionats amb la transposició de l’ADN, el processament de l’RNA i l’estrès. Mitjançant RNA-seq hem identificat nous gens candidats per la formació de la peridermis en l’alzina surera, entre ells destaquen gens relacionats amb la formació de la paret cel·lular, el metabolisme primari i l’acumulació de suberina. També destaquen gens relacionats amb la regulació del meristema com ara els transportadors d’auxines i el metabolisme i senyalització per etilè. L’expressió d’alguns gens s’ha analitzat durant la formació del suro.